南沙客运港主要经营广州南沙往返香港的水上客运服务，通过高速客轮约1小时即可直达香港。客运港距离广州地铁四号线终点站——南沙客运港站仅500米，商务、科技、旅游休闲等多项配套服务设施集中在方圆一公里内，交通便利，地理条件优越。港口设计标准为国际客运港，年客运量160万人次、旅客聚集量1600人。

南沙客运港配备20多台客车，在广州、番禺、顺德等地设有旅客接送网点，为旅客提供乘船便利。随着地铁四号线及广州公共交通线路的普及，大幅度提升了交通服务能力。2020年6月28日，南沙港至深圳机场码头航线首航圆满成功，大大方便了往返两地的旅客，为两地居民提供了一种便捷的出行方式。