南沙客運港主要經營廣州南沙往返香港的水上客運服務，通過高速客輪約1小時即可直達香港。客運港距離廣州地鐵四號線終點站——南沙客運港站僅500米，商務、科技、旅遊休閑等多項配套服務設施集中在方圓一公裡内，交通便利，地理條件優越。港口設計标準為國際客運港，年客運量160萬人次、旅客聚集量1600人。

南沙客運港配備20多台客車，在廣州、番禺、順德等地設有旅客接送網點，為旅客提供乘船便利。随着地鐵四號線及廣州公共交通線路的普及，大幅度提升了交通服務能力。2020年6月28日，南沙港至深圳機場碼頭航線首航圓滿成功，大大方便了往返兩地的旅客，為兩地居民提供了一種便捷的出行方式。